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4.Bioinformatique Recherche de séquences par similarité

Démarré par sabrina, Décembre 24, 2018, 12:55:00 PM

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sabrina

4.Bioinformatique Recherche de séquences par similarité

 En résumé
 Ces algorithmes, basés sur l'indexation de tous les oligomères ("mots") d'une base de
données de séquences, sont ~50 fois plus rapides que celui de Smith-Waterman
(1980).
 Ils se basent cependant sur des approches heuristiques, qui ne peuvent pas garantir
de trouver l'alignement optimal.
 Une comparaison avec les résultats de programmation dynamique a cependant
montré que les alignements obtenus sont généralement proches de l'optimum.
 FastA (Lipman & Pearson, 1988)
 Algorithme de recherche rapide basé sur un index de mots (k-mères)
 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
 Version 1990 (Altschul et al., 1990)
• Version sans gap
• Apport statistique: calcul de la E-valeur
 Version 1997 (Altschul et al., 1997)
• Version avec gap (BLAST)
• Version itérative (PSI-BLAST) basée sur des matrices de profil

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