ExoCo-LMD
Sciences de la Nature et de la Vie - SNV => L3 SNV (Les modules de troisième année) => Bioinformatique => Discussion démarrée par: sabrina le Décembre 24, 2018, 12:55:00 PM
4.Bioinformatique Recherche de séquences par similarité
En résumé
Ces algorithmes, basés sur l'indexation de tous les oligomères ("mots") d'une base de
données de séquences, sont ~50 fois plus rapides que celui de Smith-Waterman
(1980).
Ils se basent cependant sur des approches heuristiques, qui ne peuvent pas garantir
de trouver l'alignement optimal.
Une comparaison avec les résultats de programmation dynamique a cependant
montré que les alignements obtenus sont généralement proches de l'optimum.
FastA (Lipman & Pearson, 1988)
Algorithme de recherche rapide basé sur un index de mots (k-mères)
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
Version 1990 (Altschul et al., 1990)
• Version sans gap
• Apport statistique: calcul de la E-valeur
Version 1997 (Altschul et al., 1997)
• Version avec gap (BLAST)
• Version itérative (PSI-BLAST) basée sur des matrices de profil